Ιδρύθηκε το 1984 και αποτελείται από 5 Σχολές και συνολικά 17 Τμήματα, με πανεπιστημιακές μονάδες στη Μυτιλήνη, τη Χίο, τη Σάμο, τη Ρόδο, τη Σύρο και τη Λήμνο.
Ανατρέχοντας χρόνια πίσω, θυμάται κανείς, το πρώτο τμήμα που λειτούργησε το ακαδημαϊκό έτος 1984-1985, ήταν το τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων, στη Χίο.
Ακολούθησε το Τμήμα Περιβάλλοντος, στη Μυτιλήνη, που δέχθηκε μεταπτυχιακούς φοιτητές το 1986 και προπτυχιακούς φοιτητές το 1987.
Για τη συμπλήρωση των 40 χρόνων ύπαρξης και λειτουργίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου, ο Γ.Γ Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής, Μανώλης Κουτουλάκης, έγραψε στην προσωπική του σελίδα:
Το Πανεπιστήμιο του Αρχιπελάγους μας - το Πανεπιστήμιο Αιγαίου - συμπληρώνει φέτος 40 χρόνια σταθερής και ενάρετης πορείας, εδραιώνοντας την ακαδημαϊκή, επιστημονική και αναπτυξιακή του παρουσία στον παγκόσμιο και ευρωπαϊκό ακαδημαϊκό χάρτη.
Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου αποτελεί «φάρο» επιστημών της θάλασσας, του ανθρώπου και της τεχνολογίας και όχι μόνο, βασιζόμενο στη θέληση, τις ικανότητες και την εμπεδωμένη στρατηγική αριστείας που ακολουθεί απο την ίδρυση του έως και σήμερα.
Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου, είναι οι άνθρωποι του, σπουδαστές, καθηγητές και διοικητικό προσωπικό που μέσα απο τις δυσκολίες της περιφερειακότητας, έχουν καταφέρει να υπερκεράσουν τις φυσικές δυσκολίες της πολλαπλής νησιωτικής του χωροθέτησης και να τη μετατρέψουν σε δύναμη επιστήμης, δύναμη εξωστρέφειας θεραπεύοντας επιστήμες άκρως πρακτικές και εφαρμόσιμες και διαρκώς εξελισσόμενες.
Μαζί με τις πρυτανικές αρχές και τον άξιο σύλλογο αποφοίτων, θα συμβάλουμε ώστε ο εορτασμός των 40 ετών απο την ίδρυση του να είναι το ορόσημο των επόμενων πολλών ετών διαπρέπους αναπτυξιακης του πορείας. 
