Πιο συγκεκριμένα, οι αιτήσεις κατατίθενται στο αρμόδιο Τμήμα Περιβάλλοντος του Δήμου Λήμνου, που βρίσκεται στο κτήριο Παπουτσίδειο 1ος όροφος (άνωθεν Εθνικής Τράπεζας) στη Μύρινα.
Μαζί με την αίτηση απαιτείται να συνυποβληθεί και διπλότυπο της Δ.Ο.Υ. με το οποίο αποδεικνύεται ότι έχει καταβληθεί από τον αιτούντα ποσό 100,00 € υπέρ του Πράσινου Ταμείου του ΥΠΕΚΑ.
Όσοι υπέβαλαν ή πρόκειται να υποβάλουν αίτηση στο Δήμο για εγγραφή Σημείου Υδροληψίας (πηγής ή πηγαδιού ή γεώτρησης) στο ΕΜΣΥ και δηλώνουν αυτά ως ενεργά, δηλαδή τα χρησιμοποιούν συνεχώς ή τα χρησιμοποιούν περιοδικά ή πρόκειται να τα χρησιμοποιήσουν, πρέπει να καταθέσουν επιπλέον αίτηση στη Διεύθυνση Περιβάλλοντος και Χωρικού Σχεδιασμού της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου, για να τους χορηγηθεί άδεια χρήσης νερού.
Διευκρινίζεται ότι όλες οι αιτήσεις που κατατέθηκαν στον Δήμο από την 1η Φεβρουαρίου 2014 και μετά, αφορούν μόνο στην εγγραφή-απογραφή του Υδροληπτικού σημείου στο ΕΜΣΥ και σε καμιά περίπτωση δεν αποτελούν αίτηση για έκδοση άδειας χρήσης νερού.